1887년 온타리오 주의회에서 통과된 법률에 의거해 설립되었다. 당시 이 대학은 상원의원이자 캐나다 상업은행의 초대총재였던 윌리엄 맥마스터(William McMaster)의 유산을 바탕으로 설립되었으며, 온타리오 주와 퀘벡 주 침례교 협의회의 후원을 받았다. 1890년 토론토의 맥마스터홀에서 수업을 시작했다. 개교 당시 학예부와 신학부가 개설되었으며, 1894년 처음으로 학위를 수여했다.
1930년 해밀턴에 새로 문을 연 현재의 캠퍼스로 이전했다. 1957년 특정종교와 무관한 사립대학으로 개편되었으나 계속해서 침례교 계열의 맥마스터 신학대학과 연계를 맺었다. 1970년대 6개 학부체제로 조직을 개편했다. 이 대학은 캐나다에서 연구를 선도하는 15개 대학으로 구성된 U15에 속해 있다.
현재 인문학부, 경영학부, 사회과학부, 과학부, 공학부, 보건학부로 구성되어 있다. 다양한 분야에서 학사학위, 석사 및 박사학위를 수여한다. 특히 의학, 경영학 분야의 명성이 높다. 부속기관 및 시설로 도서관, 평생교육원, 미술관, 병원, 온실, 기숙사 등이 있다. 도서관에는 164만 권 이상의 도서와 각종 시청각자료, 지도, 마이크로필름 등이 비치되어 있다. 부설연구소로 혁신경영·신기술연구소, 기후변화연구소, 평화연구소, 에너지연구소, 환경·보건연구소, 분자생물학·바이오기술연구소, 교통·물류연구소 등이 있다.
2011년 중국 상하이 자오퉁 대학이 발표하는 ARWU(Academic Ranking of World Universities) 세계 대학 순위에서 89위, 국내 4위를 차지했다. 그리고 영국의 QS(Quacquarelli Symonds)가 실시한 세계 대학 평가에서 159위를 차지했다. 2011년 기준으로 2만 6,440명의 학생들이 재학하고 있다. 대학 재학생 수는 약 2만 2,850명이고, 대학원 재학생 수는 3,580명을 넘는다. 교직원 수는 1,300여 명의 교원을 포함해 약 7,600명이다.
제1캠퍼스는 캐나다 온타리오 주 해밀터의 도심에 있다. 캠퍼스 면적은 약 1.5㎢이며, 인근에 왕립식물원이 있다. 그밖에 해밀턴 부근과 벌링턴, 키치너, 세인트캐서린에도 캠퍼스 및 교육시설이 있다.
